Der 2. Teilabschnitt der Badischen Odenwaldbahn hatte insgesamt 32 Stationen, eine Station davon war ein Kehrbahnhof (Wendebahnhof für Schiebelokomotiven). Dazu kamen noch 8 Tunnel und etliche kleine Brücken. Die Stationen wurden auch Betriebsstellen genannt. Diese unterteilten sich grob gesagt in 2 Kategorien, Bahnhof (Bf) und Haltepunkt (Hp).
Folgende Stationen und Tunnel gab es entlang der Strecke:
▲Km 53,1: Bf Mosbach
► Inbetriebnahme: 23.10.1862
► Außerbetriebnahme: April 1997
▲Km 53,4: Bf Mosbach (Baden)
► Inbetriebnahme: April 1997
▲Km 56,8: Hp Neckarburken
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 59,0: Bf Dallau, später Hp Dallau
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 60,3: Dallauer Tunnel, 371m Länge
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 62,4: Bf Auerbach, später Hp Auerbach (bei Mosbach)
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 66,0: Schefflenzer Tunnel, 544m Länge
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 67,5: Bf Schefflenz, später Hp Oberschefflenz
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 70,6: Bf Eicholzheim, später Hp Eicholzheim
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 70,2: Eicholzheimer Tunnel, 363m Länge
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 74,4: Bf Seckach
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 75,3: Seckacher Tunnel, 75,3m Länge
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 76,4: Zimmerer Tunnel, 175m Länge
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 76,7: Hp Zimmern
► Inbetriebnahme: Unbekannt
▲Km 78,3: Bf Adelsheim, später Adelsheim Nord
► Inbetriebnahme: 1902
► Außerbetriebnahme: 14.12.2003
▲Km 78,5: Hp Adelsheim Nord
► Inbetriebnahme: 14.12.2003
▲Km 79,3: Adelsheimer Tunnel, 258m Länge
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 81,2: Bf Osterburken
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 85,9: Bf Rosenberg
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
► Außerbetriebnahme: 02.06.1985
►Reaktiviert: Dezember 2019
▲Km 88,9: Bf Hirschladen
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
► Außerbetriebnahme: 02.06.1985
▲Km 93,0: Bf Eubigheim
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
► Außerbetriebnahme: 02.06.1985
►Reaktiviert: Dezember 2019
▲Km 95,4: Seewiese (Kehrbahnhof)
► Inbetriebnahme: zwischen 1930-1935
► Außerbetriebnahme: 1. Juni 1975
▲Km 95,9: Eubigheimer Tunnel, 272m Länge
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 99,6: Hp Uiffingen
► Inbetriebnahme: 01.06.1920
► Außerbetriebnahme: 02.06.1985
▲Km 104,0: Bf Boxberg-Wölchingen
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
► Außerbetriebnahme: 29.09.1988
►Reaktiviert: Dezember 2019
▲Km 105,9: Bf Schweigern, später Schweigern (Baden)
► Inbetriebnahme: 1872
► Außerbetriebnahme: 02.06.1985
▲Km 109,0: Bf Unterschüpf
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
► Außerbetriebnahme: 02.06.1985
▲Km 110,9: Hp Sachsenflur
► Inbetriebnahme: 1903
► Außerbetriebnahme: 02.06.1985
▲Km 113,6: Bf Königshofen
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
► Außerbetriebnahme: 02.06.1985 (Für Züge von/nach Bad Mergentheim bleibt der Halt bestehen)
▲Km 116,1: Bf Lauda
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 118,4: Bf Gerlachsheim
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
► Außerbetriebnahme: Juni 1989
▲Km 119,1: Hp Gerlachsheim
► Inbetriebnahme: 29.11.2024
▲Km 122,9: Bf Grünsfeld
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 126,4: Bf Zimmern, später Zimmern (Main-Tauber)
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 131,1: Wittighausener Tunnel, 138m Länge
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 134,7: Landesgrenze Baden(-Württemberg)/Bayern
►Ab hier wurde die Bahnstrecke von Bayern an Baden verpachtet.
▲Km 131,6: Bf Wittighausen, später Hp Wittighausen
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 133,7: Hp Gaubüttelbrunn
► Inbetriebnahme: 1913
▲Km 136,3: Hp Kirchheim (Unterfranken)
► Inbetriebnahme: 30.09.2001
▲Km 137,2: Bf Kirchheim bei Würzburg, später Hp Kirchheim (Unterfranken)
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
► Außerbetriebnahme: 30.09.2001
▲Km 143,2 Bf Geroldshausen
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
▲Km 148,6: Bf Reichenberg, später Reichenberg (Unterfranken)
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
► Außerbetriebnahme: 29.05.1983
▲Km Hp Reichenberg (Unterfranken)
► Inbetriebnahme: 12.12.2010
▲Km 153,6: Bf badisch Heidingsfeld
► Inbetriebnahme: 01.11.1866
► Außerbetriebnahme: September 1987
►Reaktivierung: In Planung
Ab den Bahnhof Heidingsfeld wurde die Strecke zusammen mit der Strecke von Treuchtlingen her kommend, offiziell als eingleisige Strecke bis Würzburg Hbf geführt (jede Strecke hatte ein Gleis).
▲Km XX,X: Heidingsfelder Brücke
► Inbetriebnahme: 1864
Badische Kilometrierung konnte bisher nicht ausfindig gemacht werden, da die Brücke nur Bayrische Kilometrierung von der Treuchtlinger Strecke auf Plänen aufweist.
▲Km 158,6: Hp Sanderau, später Hp Würzburg-Süd
► Inbetriebnahme: 15.09.1879
▲Km 159,2: Bf Würzburg
► Inbetriebnahme: 01.07.1864